Η διάσημη και άρτια διατηρημένη τοιχογραφία του «Ψαρά», ένα από τα σπουδαιότερα έργα της μεγάλης ζωγραφικής των προϊστορικών χρόνων στο Αιγαίο, εκτίθεται για πρώτη φορά στη μόνιμη έκθεση του Μουσείου Προϊστορικής Θήρας. Ο «Ψαράς» από τη δυτική οικία της προϊστορικής πόλης στο Ακρωτήρι, εκτίθεται για πρώτη φορά στον τόπο της εύρεσής του, τη Θήρα, σχεδόν 45 χρόνια μετά την εύρεση και συντήρησή του.

Το Μουσείο Προϊστορικής Θήρας φιλοξενεί, μεταξύ άλλων, ευρήματα που προέρχονται από τις ανασκαφές της Εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρίας στο Ακρωτήρι, από τις ανασκαφές της ΚΑ’ Εφορείας Αρχαιοτήτων σε διάφορες θέσεις της Θήρας και από τις παλαιές ανασκαφές του Γερμανικού Αρχαιολογικού Ινστιτούτου στη θέση Ποταμός. Μπορεί να θεωρηθεί ως προέκταση του αρχαιολογικού χώρου του Ακρωτηρίου, αφού στεγάζει τις τοιχογραφίες αλλά και τα κινητά ευρήματα του αστικού αυτού κέντρου στην περίοδο της μεγάλης ακμής του (17ος αι. π.Χ.). Τέλος, φιλοξενεί και ευρήματα από πολλές άλλες θέσεις της Θήρας που χρονολογούνται από την 5η χιλιετία π.Χ. (νεότερη Νεολιθική περίοδος) ως τον 17ο αι. π.Χ., απεικονίζοντας το πέρασμα των ποικίλων πολιτισμών από το Αιγαίο σε μια μακρά περίοδο της προϊστορίας.